ones刻录软件下载-y9000x
2023年4月4日发(作者：移动硬盘无法显示)
做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，
自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件
应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心
得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。
Pymol的笔记...................................................................................................................................3
软件安装与初始设置...............................................................................................................3
Pml格式的右键菜单.......................................................................................................3
软件使用难题与Bug.......................................................................................................3
单字母标记氨基酸残基Windows用户..........................................................................3
基本知识...................................................................................................................................4
景深...................................................................................................................................4
全屏...................................................................................................................................5
通用命令...................................................................................................................................5
例一...................................................................................................................................5
结构显示细调...........................................................................................................................5
选择...........................................................................................................................................6
选择原子...........................................................................................................................6
选择侧链...........................................................................................................................6
选择骨架上的原子...........................................................................................................6
选择钙离子.......................................................................................................................6
选择范围内原子...............................................................................................................6
从选择的原子扩展到残基...............................................................................................7
color..........................................................................................................................................7
彩虹色（反彩虹色用：rainbow_rev）...........................................................................7
颜色举例...........................................................................................................................7
label...........................................................................................................................................7
label字体..........................................................................................................................7
设定label距离.................................................................................................................7
label举例..........................................................................................................................7
label氨基酸残基..............................................................................................................8
氢键...........................................................................................................................................8
氢键概念...........................................................................................................................8
目前使用的氢键做法：...................................................................................................8
各种方法氢键数量比较...................................................................................................8
氢键做法汇总...................................................................................................................9
结构叠加比对...........................................................................................................................9
Align命令用法.................................................................................................................9
Wiki中的"align"命令.......................................................................................................9
静电势APBS（目前没有大问题）......................................................................................10
各种静电势方法总结.....................................................................................................10
安装.................................................................................................................................10
精简的步骤.....................................................................................................................10
分链作图.........................................................................................................................11
动画.........................................................................................................................................11
Pymol出动画图方法.....................................................................................................11
手工抽图方法.................................................................................................................11
每帧都被光线追踪.........................................................................................................11
友立GIF动画使用........................................................................................................11
Pymol教程与实例.........................................................................................................................12
合用的教程分类.....................................................................................................................12
使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较............................................................................12
label驴子笔记........................................................................................................................12
显示氢键（活性中心）.........................................................................................................14
用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令.....................................................................15
其他结构描述方法.........................................................................................................................15
Contacttable...........................................................................................................................15
基本知识.........................................................................................................................15
用CCP4NCONT...........................................................................................................16
用CCP4CONTACT/ACT...........................................................................................16
Interface..................................................................................................................................16
用PISA做结合分析......................................................................................................16
计算BSA的软件讨论...................................................................................................16
Ligplot.............................................................................................................................17
静电势DelPhi（有问题）.....................................................................................................17
DelPhiv.5.1使用方法....................................................................................................17
Pymol打开DelPhi电势文件........................................................................................18
Grasp2打开DelPhi电势文件.......................................................................................18
修结构方法搜集.............................................................................................................................19
修结构刚开始据说是要先修主链.................................................................................19
修结构的时候发现侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置.......19
修结构重在整体形象。.................................................................................................19
修结构新番总结.............................................................................................................20
过度修正.........................................................................................................................20
认清身边有毒的朋友.....................................................................错误！未定义书签。
高考阅卷得到的收获.....................................................................................................21
附录.................................................................................................................................................21
基本知识.................................................................................................................................21
RMSD(RootMeanSquaredDeviation)..........................................................................21
氨基酸分组方法和代表性颜色.....................................................................................21
Pymolpml文件实例..............................................................................................................22
C10IQsort......................................................................................................................22
图像处理.................................................................................................................................24
批量裁剪.........................................................................................................................24
4个大小相同的图片排成一个......................................................................................24
未整理.............................................................................................................................................24
某人总结的结构解析方法：.........................................................................................24
结构修正时遇到的问题和用到的小tips：..................................................................25
分子置换的步骤.............................................................................................................26
COOT中添加小分子的方法.........................................................................................26
如何画出氢键.................................................................................................................26
Pymol的笔记
软件安装与初始设置
安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处
理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。
.bat文件内容如下：（D:Temp，是msi文件的目录，是msi文件名，pyt是为了方便，
pymol安装用的msi文件名的简写）
msiexec/iD:
新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到"C:UsersYOU"，启动文件
为PyMOL目录下的。
如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的，再不行就试运行一次
C:。
Pml格式的右键菜单
后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。
windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方法如下：
在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOT>pml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立
新项：command，值为：
"C:""%1"
软件使用难题与Bug
2013年12月31日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_colorwhite设定背景色后，label
就不显示了。
单字母标记氨基酸残基Windows用户
windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：'pymolrc',''or''
从本博文下载附件（pymolrc）后拷贝到安装目录即可,无需后缀名。
1.6版的PyMOL目录下还有一个.pymolrc_example文件，也包括单字母氨基酸的命令。
pymolrc文件里起作用的是这一段
#start$HOME/.pymolrcmodification
single={'VAL':'V','ILE':'I','LEU':'L','GLU':'E','GLN':'Q',
'ASP':'D','ASN':'N','HIS':'H','TRP':'W','PHE':'F','TYR':'Y',
'ARG':'R','LYS':'K','SER':'S','THR':'T','MET':'M','ALA':'A',
'GLY':'G','PRO':'P','CYS':'C'}
#endmodification
使用时用single[resn]代替resn即可，例如
1.标记第77号残基，标出残基号和残基名：
PyMOL>labelresi77andnameca,("%s/%s")%(resn,resi)##("%s/%s"):设定显示格式。三字
母格式
PyMOL>labelresi77andnameca,("%s/%s")%(single[resn],resi)##("%s/%s"):设定显示格
式。单字母格式
基本知识
1.几乎所有修饰都可以在菜单setting下面的setall里更改
2.文件操作
load****.pdb
3.氢原子，水
氢原子：removehydro
加氢：h_add
水：
4.对象和选择的on/off
5.选择、抽出还是新建对象？
'pngF:/BioData/IQCGStructures/Orientation/
'saveF:/BioData/IQCGStructures/Orientation/,format=pse
log_
log_close
hidelabels
ow
景深
全屏
_screen('on')
通用命令
例一
setdepth_cue,off
bg_colorwhite
setcartoon_fancy_helices,1
setray_shadows,off
setstick_radius,0.2
hideeverything,all
'removeresnhoh
'remove(hydro)
结构显示细调
雾气调节：滚动鼠标中键
背景色：菜单命令或者：bg_colorwhite
球的大小：setsphere_scale1
label的字体大小调节：菜单上有
螺旋和sheets的反面与正面颜色不同
sethighlightcartoon
将会使beta条带和loop沿骨架的正确路径延伸并给出更精确的结构描述
setcartoon_flat_sheets,0
setcartoon_smooth_loops,0
有管状边的Ribbon螺旋
setcartoon_fancy_helices,1#开启fancyhelices
beta-sheet厚度和宽度
setcartoon_rect_width,0.2
setcartoon_rect_length,1.4
Stick粗度
setstick_radius,0.2
Ray无阴影
setray_shadows,off
Spheres的大小
setsphere_scale,0.5
选择
选择原子
selectcc,bbornameo
宏：（斜杠开头从头读取，非斜杠开头从尾读取）
coloryellow,/pept/lig/a/10/ca
coloryellow,a/10/ca
showcartoon,a//
选择侧链
selectactive,(resi538+542andnot(namen,c,o))
selectSideChain,HbsResiCaMandnot(namen,c,o,ca)
选择骨架上的原子
selecteiqbone,eiqandnamen+c+ca
选择钙离子
selectcalciums,CA/
选择范围内原子
1、Howtoonlyshowstructurethatisseveralangstromfromtheligand?
showstick,xxxx&HETATMaround4
(xxxxisyourpdbname,4=4angstrom)
HETATM指从ProteinDataBankHETATMrecords中载入的所有原子
2、选择a链中在B链4.5A范围内的所有原子（为什么要抽出？）
extractcha,chaina
extractchb,chainb
selectnear,chawithin4.5ofchb
从选择的原子扩展到残基
createpocket,byres4dxdwithin5ofresn9pc
(这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5A的
氨基酸，生成一个pocket，9pc这个残基是4dxd这个蛋白质晶体中的一个配体）
color
彩虹色（反彩虹色用：rainbow_rev）
spectrumcount,rainbow,ccam,byres=1
颜色举例
colormarine,ecamn
colordeepblue,ecamc
colorpalegreen,ccamn
colorforest,ccamc
colorred,eiq
colorwarmpink,ciq
label
label字体
setlabel_font_id,4
setlabel_size,-0.5
负值表示以埃为单位，当缩放label对象时，label与label对象的相对大小不会变化。
setlabel_size,4
setlabel_outline_color,black
只有label的字体5-12（unicode）文字轮廓颜色才能有效
设定label距离
setlabel_position,(3,2,1)
label举例
label氨基酸残基
"%s-%s"%(resn,resi)
label(542/oe1),"%s"%("E542")
label(538/ne),"%s"%("R538")
1、为选择“IQMainHybro”的α碳原子标记上氨基酸名称及序号。
labelIQMainHybroandnameca,"%s-%s"%(resn,resi)
2、单字母label氨基酸残基
label***andnameca,"%s%s"%(single[resn],resi)
氢键
氢键概念
氢键存在虽然很普遍，对它的研究也在逐步深入，但是人们对氢键的定义至今仍有两种不同
的理解。
第一种把X－H…Y整个结构叫氢键，因此氢键的键长就是指X与Y之间的距离，例
如F－H…F的键长为255pm。
第二种把H…Y叫做氢键，这样H…F之间的距离163pm才算是氢键的键长。当然，我
们一般都是用的第一种。
看lz所述，pymol也应该是用的第一种。这里先说明一下共价键，键长小于1.8A我们一般
认为是共价键，那么，在ideal中，就是说<1.8A的是共价键，而1.8-3.6是氢键。（满足键角
等参数的情况下），而在minimallyacceptable中，认为1.8-3.2是氢键的范围（这样氢键范围
就短了）。有一点可以肯定，键长越短肯定越强。
另外，现在对于氢键键长还真没有定论，因为很多软件都自己定义键长和键角的。但
是我在一些论坛上看过，说是DS的键长和键角定义的比较好，键长好像是3.5吧，键角忘
了。反正有好多的软件分析出来的氢键数目都不一样的，就看自己定义了。
目前使用的氢键做法：
用pymol来做，pdb没有氢的需要加氢，选肽段，find-polarcontacts-toothersexcludingsolvent，
all-showlines，手工选取形成氢键的残基，显示为sticks，关闭lines，标记byresidue，记录
残基号。在pml文件里输入残基号，用命令显示选择内的氢键。
The"polarcontacts"mentionedaboveareprobablybetteratfindinghydrogenbondsthanthese
scripts."Polarcontacts"checkgeometryaswellasdistance.
各种方法氢键数量比较
ligplot和pisa差异
ligplot多404-120，少410-41
pymol最多
氢键做法汇总
Name法
distname,sele1,sele2,mode=2
在pep内形成的氢键
("pep_polar_conts","pep","pep",quiet=1,mode=2,label=0,reset=1);("pep_polar
_conts")
在HbResi内形成的氢键
("HbResi_polar_conts","HbResi","HbResi",quiet=1,mode=2,label=0,reset=1);
("HbResi_polar_conts")
pep与其他非溶剂形成的氢键
("pep_polar_conts","(pep)andnotsolvent","(byobj(pep))and(not(pep))and(not
solvent)",quiet=1,mode=2,label=0,reset=1);("pep_polar_conts")
pep与其他所有原子形成的氢键
("pep_polar_conts","(pep)","(byobj(pep))and(not(pep))",quiet=1,mode=2,label=0,reset=1);("pep_polar_conts")
结构叠加比对
Align命令用法
Pymolcansuperposetwostructures;typethefollowingatthepymolcommandline:
alignmol1,mol2
先打开Ca复合物，然后选B，重命名为cb，再打开EDTA复合物，选择b链，在cb里选
aligntoselection-sele。
如果用A来AligntoB，A会跳到B的位置与B叠加。
Wiki中的"align"命令
Withtwostructures(hereafterreferredtoasstructure1andstructure2)loadedintoPyMOLitisa
simplemattertotypethecommand:
alignstructure2,structure1
andPyMOLwillfirstdoasequencealignmentandthentrytoalignthestructurestominimizethe
RMSD(RootMeanSquareDeviation:seefootnote1)ten
worksverywellforhomologousstructures,butifyouhavetogettheRMSDforthebackbone
atomsofaparticularsetofnon-homologousresidues,needto
mple,youmayknowthatonlypartofstructure1
case,youmaywishtouseacommandlike:
alignstructure2andresi1-100,structure1andresi300-400
orinshortform:
alignstructure2&i.1-100,structure1&i.300-400
Furthermore,youmaywishtorestrictthealignmenttojustthebackboneatoms,soyoucansay:
alignstructure2andresi1-100andnamen+ca+c+o,structure1andresi300-400andname
n+ca+c+o
orinshortform:
alignstructure2&i.1-100&n.n+ca+c+o,structure1&i.300-400&n.n+ca+c+o
Whenthealigncommandruns,itwillprintoutsomeinformationlike:
PyMOL>alignstructure1&,structure2&
Match:readscoringmatrix.
Match:assigning349x66pairwisescores.
MatchAlign:aligningresidues(349vs66)...
ExecutiveAlign:47atomsaligned.
Executive:RMS=12.490(47to47atoms)
静电势APBS（目前没有大问题）
各种静电势方法总结
DelPhi+Pymol做出来的图和APBS+Pymol的有区别，IQCG的IQ用两种方法做出来的图，
APBS法做的和单用Pymol的都有尾部红色区（后者白色部分较多），而DelPhi+Pymol的没
有尾部红色区。
2KXW做的CaMN-lobe和2011年的文献上的也不一样，文献上没有写作法，看样子使用
Pymol直接做的，我用APBS做的差别不算太大，没有文献上的白，Delphi做的蓝色的太多，
白色的被蓝色浸润很多，红色的太少。
2012年文献用APBS做差异不大。
安装
，，都是从自由软件网上下载的
安装使用过，是Pymol的插件，可在pymol内安装。
详细的例子网上有：
/apbs/examples/visualization/apbs-electrostatics-in-pymol
中文版的在软件目录里有。
精简的步骤
步骤一：网上生成pqr，设置全用默认
/pdb2pqr_1.8/
步骤二：用APBS插件，只需要
1、在APBSTools窗口“Main”标签下，选择UseanotherPQR，然后搜索所需PQR文
件(通过ChooseExternallyGeneratedPQR:按钮)或直接输入PQR文件的路径。
2、路径要按照安装的路径设：例如C:。其余留空，插件自己会
处理。
3、单击Setgrid来进行空间格点设置。
4、run。
5、Visualization(1)-MolecularSurface，先调整正电和负电“等势”场至所需值（钙调素可选
6左右），复选（.）,点“show”。
分链作图
用pymol保存分子，然后分别算pqr。
动画
Pymol出动画图方法
Pymol每秒30帧，可以支持120帧，最多4秒动画。
让分子横向转360度/4S：movie-program-cameraloop-YRoll-4s另存为png。超过120张图，
可以手工抽选图。
手工抽图方法
删除奇数文件的方法，可以先用拖把更名器，以增量为5批量重命名文件，再用xplorer2，
查找，然后删除（菜单里的删除，同时按住shift可以彻底删除）。
每帧都被光线追踪
应打开帧的光线追踪，关闭并清除缓存：
setray_trace_frames=1
setcache_frames=0
mclear
预览动画时不要开ray，否则很慢，如已经开了，可关闭：setray_trace_frames=0
友立GIF动画使用
先打开第一幅图像，然后添加其余图像，注意有个选项是添加到帧，要选上。选中所有帧后
右键画面帧属性，延迟越小，动画越快。默认为10，和网页中的速度是一样的，网页中最
快为6，小于6就=10了。如果为了软件中和实际使用效果一样的话，选默认值10，如果要
加快速度，可以删除一部分帧，或者采用6。
背景色问题
有时候自动优化后的背景色会变，程序中背景色可调。
改变背景色方法：
点标签-优化，鼠标光标移动到图像背景上会变成吸管状，左键点击一下，这时调色板中右
边的多个按钮解除灰色状态，变为可用，左边上数第二个是编辑当前单元，点击它，选
windows颜色拾色器-白色，背景就换成白色的了。
手动设定优化参数：
文件-优化向导-选保留每一帧的调色板，背景色不会发生改变了，但是文件的大小可能增加，
颜色和抖动都默认选最高，自动优化的颜色和抖动的设定值都是最高的。
Pymol教程与实例
合用的教程分类
1、教程文件名：
作用：制作surface、电子密度、氢键
内容：包含所有必需文件，最好的是有pml文件及步骤解说ppt
命令含义查询（Wiki）//Cartoon
使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较
请问诸位结构生物学的高手~~是不是可以用pymol将两个蛋白（同一family的）的某一个
α-helix重叠以比较其他部分的差异呢~？
PS：我在coot上面实现了这个，但是把文件用pymol打开之后发现两个α-helix是平行的而
没有重叠……好吧大囧~该怎么办呢。。。。？
在右上角的α-helix1顶目中选A>align>toselection>α-helix2，就可以了吧！
怎么会这样呢？你把α-helix1和α-helix2先保存下来，再用pymol只打开α-helix1和α
-helix2，进行A>align>α-helix2，还不行的话，你就把PDB发给我试试看吧。。。
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定，然后保存叠合后的新pdb
文件，在pymol中打开观察对比。
是的。师姐就是教我用的这种方法可是两个cylinder就是合并不到一起去。
3楼正解~
evaluation版的不能align
抱歉，刚学习使用中，请问该如何选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名呢？
label驴子笔记
在显示一个蛋白结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需
要用到label命令。
label的命令格式如下：
Pymol>label[selection,[expression]]
selection当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name,resn,resi,
chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义的一段内容，这时候只要
把内容用引号包含起来就行：
Pymol>labelselection,"user-definedexpression"
在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的bindingpocket标注出来：
首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。
Pymol>,tmp
Pymol>extractupg,chainb
Pymol>extractpro,chaina
Pymol>deletetmp
Pymol>selectnear,prowithin4.5ofupg
Pymol>hideall
Pymol>showsticks,upg
Pymol>showlines,near
Pymol>labelnear,("%s/%s")%(resn,resi)#("%s/%s"):设定显示格式。
上面的图看起来有点乱，因为默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，
需要一点加工。
在这之前，让我们先看一下关于label的其他设置：
投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label本身无投影），2（object
有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）:
Pymol>setlabel_shadow_mode,3
文字颜色：
Pymol>setlabel_color,color-name,selection
标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能：
Pymol>setlabel_outline_color,[color-name,[selection]]
字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode的：
Pymol>setlabel_font_id,5
字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。你也可以用负值，则单位是Å：
Pymol>setlabel_size,-0.5
Pymol>setlabel_size,4
设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加
标签的时候有用：
Pymol>setlabel_position,(x,y,z)
最后说说怎样用单个字母标注氨基酸。
首先在$HOME/.pymolrc中加入：
#start$HOME/.pymolrcmodification
single={'VAL':'V','ILE':'I','LEU':'L','GLU':'E','GLN':'Q',
'ASP':'D','ASN':'N','HIS':'H','TRP':'W','PHE':'F','TYR':'Y',
'ARG':'R','LYS':'K','SER':'S','THR':'T','MET':'M','ALA':'A',
'GLY':'G','PRO':'P','CYS':'C'}
#endmodification
用法，用single[resn]代替resn：
Pymol>.230+246,single[resn]
下面是改进过的图片：
是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：
Pymol>selectnear,resi139+229+230+233+246+499+519+520
Pymol>ascartoon,pro
Pymol>鼠标操作：显示near的sidechain
Pymol>set_colorgrey1,[224,224,224]
Pymol>setcartoon_color,grey1
Pymol>setcartoon_transparency,0.3
Pymol>setcartoon_fancy_helices,1
Pymol>ear,("%s%s")%(single[resn],resi)
Pymol>进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置
Pymol>setcartoon_transparency,0.3
Pymol>setlabel_font_id,13
Pymol>setlabel_size,26
Pymol>bg_colorwhite
Pymol>进入measurement模式测量我们所需要的距离
Pymol>setdash_length,0.015
Pymol>setdash_radius,0.015
Pymol>setdash_gap,0.6
Pymol>setdash_color,grey
显示氢键（活性中心）
,t2a
selectactive,(resi538+542andnot(namen,c,o))
disableactive
hideline
showcartoon
showsticks,active
setcartoon_fancy_helices,1
setcartoon_highlight_color,blue
set_view(
0.297146499,-0.849742353,-0.435482234,
-0.902210355,-0.100546859,-0.419422388,
0.312610298,0.517525256,-0.796518862,
-0.000007910,0.000031451,-47.426128387,
-8.894819260,1.972803473,1.153258324,
17.733728409,77.119361877,0.000000000)
distance542/oe1,538/ne
distance542/oe2,538/nh2
hidelabels,dist01
label(542/oe1),"%s"%("E542")
label(538/ne),"%s"%("R538")
setlabel_font_id,4
用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令
相关搜索:蛋白质,create,within,中心
一直有个问题困扰我，用autodock或者vina计算出来的配体的构象虽然能够在autodock里
面查看它和周围残基的相互作用。但是非常难于查找具体的pocket周围的其它信息。最近
在学习pymol，pymol里面的一个命令非常好的满足我的需求。以proteindatabank里面的
4DXD蛋白质为例来分享这个命令：下载这个文件到自己的工作目录。
>
>createpocket,byres4dxdwithin5ofresn9pc(这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在
4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5A的氨基酸，生成一个pocket，9pc这个残基是4dxd
这个蛋白质晶体中的一个配体）
>showsticks,pocket(将pocket的残基显示cheng棒状）
>hidelines(隐藏4dxd蛋白质的line，这样pymol只显示pocket的残基）
因为找到了这个口袋的残基并且很清楚的显示出来，甚至可以做后续的处理，比方说观察它
的氢键受体和给体的分布情况等等。
如果想找自己计算的配体周围的残基，上面的命令可以改成
>createpocket,byres(你的蛋白质名称，当然你先要load进去）within5(这个参数你可以自
己选择你需要的，3A，4A或者5A等等）of(你load进去的配体的文件名）
其他结构描述方法
Contacttable
基本知识
Contactdistancesarethefollowingmaximumallowedvalues:（来自CCP4mail）
C-C,4.1Å;C-N,3.8Å;C-O,3.7Å;O-O,3.3Å;O-N,3.4Å;N-N,3.4Å;C-S,4.1Å;O-S,3.7Å;
N-S,3.8Å.
用CCP4NCONT
1、CCP4设置如图
2、Excel整理CCP4输出数据
CCP4log文件中的表复制到文本文件并保存，excel中导入文本文件中的数据，使用固
定宽度，手工添加列，使氨基酸代码和编号成为独立的一列。选择需要的4列并复制粘
贴到右侧，再右侧的区域里填入公式并拖动形成新的数据区。IF公式把空白单元格填入
空格，CaM编号-1。
3、复制数据区到文本文件，再次复制出来（去掉格式），粘贴到VB程序的左文本框，点
击按钮即可得到contact表。
4、复制出contact表，另存为文本文件，导入excel。再次复制数据，选择性粘贴，选转置。
5、N，ClobeContact分列，补足IQ的残基。
用CCP4CONTACT/ACT
Interface
用PISA做结合分析
网上提交PDB，分析出来的结果提供结合面积。Detail按钮可得到氢键、盐键列表。还有氨
基酸列表，结合区为黄色。
计算BSA的软件讨论
From:GloriaBorgstahlgborgstahl
Date:2007-04-30
Herewasthequery.
Whatistheeasiestway,thesedays,tocalculatetheburiedsurfaceareabetweentwosubunitsofa
protein?
Herearethesoftwareandlinksreceived(thankyouall):
1.4+votesforPISA-Thisfollowingwebsiteisgreatanddoesaverynicejobofanalyzing
proteininterfaces(including,butnotlimitedto,buriedsurfaceareacalculations):
/msd-srv/prot_int/
twebsitecanalsoyieldusefulinfotofigureoutifaninterfaceisphysiologically
relevantornot(lessdetailedoutputthough):
/thornton-srv/databases/pita/
e(/dist/html/).
hreevotesforareaimolinCCP4workswell-butbewarethatforcaseswehaveworked
onthedefaultvalueforpointdensityneedstobeincreasedtogetaccuratevalues.
WiththesubunitsAandBandtheirsurfacessurf(A)andsurf(B)theequationshouldhold:
surf(A)+surf(B)=surf(A+B)+2x
ucalculatethesurfacesofeachsubunitseparately
andofthecomplexthatyieldsx.
S/naccess/
4mgwilldothis-andshowyougraphically..
/~ccp4mg/ccp4mg_help/#sas
discussionandreferencesin:
/cgi-bin/gerard/reprint_?pref=84
a.
/pipermail/chimera-users/2006-December/
Thanksagain.
Ligplot
解压缩到C盘，运行CMD，粘贴并回车下面两条命令，cdc:ligplus和cligplus。程序运行
后出现路径和目录选择界面，把pymol的路径改成：
C:
在C盘建立一个临时文件目录tmp。选open，打开一个pdb文件，DIMPLOT是做蛋白质之
间相互作用的。
例子一：
Domain1:后面的框里输入281-316A
Domain2:后面的框里输入2-146D
选择包括水（氢键太多，显示很乱），保持第一条链的氨基酸顺序
静电势DelPhi（有问题）
DelPhiv.5.1使用方法
（以为例）Manual在程序里doc目录下。
文件准备
解压缩DelPhi软件到硬盘（比如D:），拷贝到D:greensoftDelPhiexecutable，下载的
原始文件目录名是DelPhi_WIN_F77，为简便起见改为DelPhi。解压缩里面的三个文
件到该目录，用写字板编辑""，把其中的PDB文件名改成。如果输出文件
到Grasp则需要把输出文件命令改一下：
默认：out(phi,unit=20,format=2)
改为：out(phi,file="",format=BIOSYM)
中添加（钙离子的半径，不知道是否需要添加，反正加不加没有变化）：
ca1.86
程序运行
运行CMD，依次执行（d:）（cdD:greensoftDelPhiexecutable）（）
把得到的结果文件"fort.20"改成PyMol可识别的""
Pymol打开DelPhi电势文件
运行Pymol，打开，
ShowthesurfaceofyourmoleculeinthePyMolmenu(Theterm"myprot"inthiscommand
shouldbethenameofyourmolecule).
=>myprot=>show=>surface
LoadtheelectrostaticgridinPyMol:
PyMOL>,e_map
CreateacolorrampinPyMol:
PyMOL>ramp_newe_lvl,e_map,[-7,0,7]
ThiscolorrampisnowanobjectinyourPyMolmenucalled"e_lvl".
Colorthesurfaceaccordingtothegridandmap:
PyMOL>setsurface_color,e_lvl,c
RampingthePotential
YoucanchangethecolorscaleontheflyinPyMolbyissuinganother"ramp_new"commandwith
othernumbers(thismakesithavemoreredandblue):
PyMOL>ramp_newe_lvl,e_map,[-3,0,3]
The3numbersarered-point,white-pointandblue-point,lecanalsobe
changedby[ctrl+mid-click]whileyoudragthecolorscale.
YoucanalsochangethequalityofthesurfaceinthePyMolinthecontrolwindowwiththePyMol
menu:改变surface质量
=>Setting=>EditAll...=>surface_quality=>2(Setsurface_quality,2)
Youwillneedtowaitafewminutes(giveit5atleast)forPyMoltocalculatethesurfacewiththis
needstocalculatethesurfaceonce,anditwillrotateandmovefairlyeasilyafter
that,butwilllookDAMNGOODtoo.
Grasp2打开DelPhi电势文件
File->Loadphimap->Insightformat，选择DelPhi产生的文件
修结构方法搜集
修结构刚开始据说是要先修主链
修结构刚开始据说是要先修主链。修主链的意思是不是就是让酰胺平面附合要求，酰胺键上
的羰基氧和N都符合电子密度的形状呢？
同时也要兼顾一下侧链。
这时电子密度的sigma值要高于1，不然噪音太大，影响对主链的辨别。
今天还在修第一轮结构，四聚体，现在在修第四条链了。新手乍练，有些心得，share一下。
也希望有各位大牛飘过，指点一二。^_^
修结构的时候发现侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中
找到正确的位置.
出问题最多的就是ALAGLY和pro密度很细肉眼分辨不出来正确的走象。
PRO和Gly总是出现在拐角处，而拐角处的密度又往往是多方交集乱的很~拉氏构象图上
的红点多是这种位置。
cys处也容易出红点。
还有alpha螺旋和beta折叠内部一般不会出什么问题。
实空间修正：根据电子密度图调整残基的位置。选择一段残基短链进行实空间修正。如果
实空间修正时所有参数都是绿色，那么这段序列的拉氏图一般没有问题，不用再去点击edit
backbonetorsions逐一checkuppsi和phi角是否符合。二级结构之间的转角处除外。若有
黄色出现，甚至多个黄色参数，序列段中一般有红点。要逐一确认一下。这个经验在选定的
残基数越多时越有用。
当然，也可以修完一遍之后再根据拉氏构象图去寻找红点，各个击破，不过那样容易遗漏，
而且缺乏连续性，有的氨基酸是红点是因为邻近的氨基酸构象不正确造成的，而非它本身。
beta-beta转弯处简直就不是humanbeing修的啊~~密度少了真是白搭。
另外有一个问题：不知如何只看某一条链的拉氏图？而不是全部。因为红点太多了容易看
不清。哪位高人可以指导一下呢？
转角处总是会出现氨基酸残基数看起来比密度能塞下去的长一块儿的现象~这是为什么
呢？
唉，我的alpha螺旋一碰到ALA就出红点。。。这是为什么呢？
修结构重在整体形象。
刚在修一个alpha螺旋，单独看几个连续的残基，怎么都看不出来主链肽键的方向应该冲哪，
因为密度比较弱，看不出来羰基氧的那个小尖尖~怎么整都是红点。后来我烦了，直接把图
像缩小，照着标准alpha螺旋的样子，把所有的样都冲成一个方向，冲着上一圈酰胺键的氮，
然后对很长的肽段进行实空间修正，最后挨个看backbone的拉氏，竟然全变成了蓝色~这
就是氨基酸之间相互影响的力量吧~
以前看别人修都是把图像放大到蛮大的以看清密度，现在想想初修的话就放大到可以分得清
的程度就可以，以防止只见树木不见森林
修结构新番总结
从拿到老师给大致搭好氨基酸残基位置的及相应的.文件后，我修结构
开始大致经过了如下几个过程：
（1）拿做模板，对.mtz文件作分子置换。使用ccp4的MR程序。
（2）分子置换后得到一个对应的文件，这时要先把pdb文件对应着电子密度图
用coot把残基都突变为自己蛋白序列的氨基酸。（一般情况下model为所研究目标蛋白的
同源蛋白，所以序列并不一致）。因为我的model是硒代的蛋白晶体得到的，所以除了搭模
后某些电子密度特别乱的位置为alanine外，老师都给搭好了。（3）进行完残基突变等初步
修正过程后，用进行第一轮修正。第一轮phenix修正时以和.sca
文件进行。
（4）用coot进行第一轮修正。（这也就是我头2天干的活儿，即先用ccp4做MR，然后接
着用进行修正，再用coot对应电子密度图进行手工修正。）
（5）第一轮修正完成后，一般是进行第二轮.不过我在修正时发现我的BChain
错误最少，即与电子密度符合最好，所以就想了一下，认为这时有2options：a.用第一轮
修正后的.pdb进行phenix2的修正；b.把BChain从中截出，作为新的model
（model2）来做第二轮分子置换MR2。于是，分别尝试了2种options。结果发现option2比
option1要好很多~以拉氏构象图的outlier数量来看，option1有90个，而option2只有68
个。所以，之后的修正基于MR2的结果继续进行。
（6）MR2之后随即用phenix修正，称为，phenix的关键结果包括一个,一个
refine-pdb，一个的电子密度图。其中再第二轮phenix时用来与pdb同
时使用，代替的是.sca文件的位置。而电子密度图和pdb在下一步的coot修正中使用。
（7）用coot手工修正MR2phenix1后的pdb。
（8）手工修正完成后，我试了3种options
a.进行PHENIX2修正。
b.用MR2phenix1之后的好Chain做MR，然后再phenix
c.用coot手工修完之后，phenix1之前的goodChain做MR再phenix
结果表明optiona最好，红点数有降低，R-WORK和R-free也有降低。这样看来各链之间
还是有构象差异的，修的差不多之后再做MR起不到什么magic的作用。但是，5-MR2确
实很magic。初修的时候多一次MR确实很有用。
这些就是到今天为止这几天的修正过程了。
过度修正
现在outlier就剩5个了，可是一phenixr-free就会上升，不知道怎么回事啊。据说是过度
修正了，可是接下来该怎么办呢？重新修吗？可不可以让它对着之前的密度图修呢？真
是迷茫啊~~谁可以提供点意见啊？
不是说前一段老phenix一修R-Free就升高嘛，后来有尝试过NCS修正和加水修正。NCS修
呢，r-factor整体会比没有加NCS要高，所以abandon啦。后来加水修正之后好多啦；然后
又把水删掉，用CNS做了一下模拟退火，现在除了一个所有链都有的outlier已经基本没事
了，再加上水就可以了。
关于加水呢，有两种方式，一种是用phenix加水，另一种是用cns加水。phenix修正加水会
使rfree稍升高，CNS加水的功能又不如phenix强大。有一种compromise呢是用phenix
只加水，不修正。不过我看了phenixtutorial也没有发现那个命令~~各位大侠有没有知道
的啊？据我们老板说可以编辑phenix命令脚本里面的macro-molecule等于0可是我不知道
怎么看那个脚本~~求教各位~~
高考阅卷得到的收获
1、阅完卷儿之后发现修结构啊什么的的单调性简直就是小菜一碟，阅卷那才是真正的重复
性劳动，是对耐性的强力考验啊！阅到最后差点没吐了~
2、以后不管什么考试都要把字写工整了，难看甚至是看不清楚的字在阅卷老师眼里看起来
真是有够烦。我改的一些卷子看着都看不清，乱七八糟的，仔细一看竟然是满分，当时给满
分给的那叫一个不痛快啊！
附录
基本知识
RMSD(RootMeanSquaredDeviation)
--->最常用来表是蛋白质结构之间差异的参数是两个结构之间原子位置的RMSD。
--->计算RMSD时，可以针对目标蛋白质(如:所有的原子、骨干部份或只考虑alpha碳原
子等等)。
--->RMSD距离函数，以一个结构中的原子与另外一个结构中对应原子为计算标的，因此，
如果两个分子在座标系统中以不同的位置开始计算，那麽不管其结构是否相似，这两者之间
的RMSD必定相当大。也因为这样，我们为了要计算有意义的RMSD，两者的结构要尽可能
的重叠。
--->因此，我们可以藉由计算RMSD来当作评估蛋白质结构的可信度:因为在模拟过程中，
分子会不断的发生变化，而对於我们而言，必须等到分子结构在稳定的状态下(fluctuation
较小时)再进一步进行分析，这样才比较有意义。
氨基酸分组方法和代表性颜色
*表中采用的分组方法和用来区分不同组别的颜色与模型构件和三维图形软件中所用方法一
致。
残基种类残基特性颜色
Asp(D),Glu(E)
酸性红色
His(H),Arg(R),Lys(K)
碱性兰色
Ser(S),Thr(T),Asn(N),Gln
(Q)
极性绿色
Ala(A),Val(V),Leu(L),Ile
(I),Met(M)
疏水性，带支链白色
Phe(F),Tyr(Y),Trp(W)
疏水性，带苯环紫色
Pro(P),Gly(G)
侧链结构特殊棕色
Cys(C)
能形成二硫键黄色
Pymolpml文件实例
C10IQsort
setdepth_cue,off
bg_colorwhite
setcartoon_fancy_helices,1
setray_shadows,off
setstick_radius,0.2
hideeverything,all
'removeresnhoh
'remove(hydro)
'createobja,chaina
'createobjb,chainb
createobjCaMN,chainaandresi4-79
createobjCaMC,chainaandresi80-149
showcartoon,objCaMN
showcartoon,objCaMC
showsurface,objCaMN
showsurface,objCaMC
colorwhite,objCaMN
colorwhite,objCaMC
selectnnear,objCaMNwithin4.5ofchainb
selectcnear,objCaMCwithin4.5ofchainb
selectnnearbasic,nnearandresnlys+arg
selectnnearacid,nnearandresnasp+glu
selectnnearpolar,nnearandresnser+thr+asn+gln+tyr
selectnnearnonpolar,nnearandresnmet+phe+pro+trp+val+leu+ile+ala
selectnnearbackboneC,nnearandnamec
'selectnnearbackbone,nnearandnamen+c+o
colorblue,nnearbasic
colorred,nnearacid
colorgreen,nnearpolar
coloryellow,nnearnonpolar
'ornnearbackboneC
selectcnearbasic,cnearandresnlys+arg
selectcnearacid,cnearandresnasp+glu
selectcnearpolar,cnearandresnser+thr+asn+gln+tyr
selectcnearnonpolar,cnearandresnmet+phe+pro+trp+val+leu+ile+ala
selectcnearbackboneC,cnearandnamec
'selectcnearbackbone,cnearandnamen+c+o
colorblue,cnearbasic
colorred,cnearacid
colorgreen,cnearpolar
coloryellow,cnearnonpolar
'orcnearbackboneC
showcartoon,chainb
selectIQMainHybro,resi394+398+403andchainb
showsticks,IQMainHybro
labelIQMainHydro,"%s-%s"%(resn,resi)
'selectIQbasic,chainbandresnlys+arg
'selectIQacid,chainbandresnasp+glu
'selectIQpolar,chainbandresnser+thr+asn+gln+tyr
'selectIQnonpolar,chainbandresnmet+phe+pro+trp+val+leu+ile+ala
'selectIQbackboneC,chainbandnamec
'selectIQbackbone,chainbandnamen+c+o
'colorblue,IQbasic
'colorred,IQacid
'colorgreen,IQpolar
'coloryellow,IQnonpolar
'orIQbackboneC
'settransparency=0.1
图像处理
批量裁剪
用xnview，先在图像上拉选取，在状态栏里看选区和原始文件的大小，决定需要裁剪多少，
工具-批量转换-变换-改变画布大小-添加，设定高度宽度及位置。通用选项卡里点添加文件
夹，设好输出目录及输出格式，点开始就可以了。
4个大小相同的图片排成一个
在photoshop里分别打开4个图片，每个图片都根据该图片的位置扩大画布大小，复制图层
到一个图片，合并所有图层即可。
未整理
某人总结的结构解析方法：
I分子置换法
使用condition：目标蛋白A有同源蛋白结构B，同源性30%以上。
用到的软件及程序：HKL2000,CCP4,COOT,Phenix,CNS,
解析过程：收集数据（X-RAY）-->hkl2000处理数据-->置换前数据处理分子置换（ccp4
MolecularReplacement--MR）-->COOT手工修正，氨基酸序列调换-->phenixrefine--coot手
工修正phenixrefine。。。__拉氏构象图上outlier为0为之，且R-free，R-work达到足够低的
值。-->phenix加水refine（溶剂平滑）。。。（若修正过程中有bias最好也用CNS修正一下）
II同晶置换法--硒代蛋白
使用condition：目标蛋白没有同源结构。
用到的软件及程序：HKL2000,CCP4,COOT,Phenix,CNS,
解析过程：收集数据（X-ray硒代蛋白及母体蛋白）-->hkl2000处理数据-->ccp4程序包搜
索搜索硒信号（gap），相位确定-->搭模--->以硒代数据得到的pdb为模型和母体高分辨数
据得到的mtz进行分子置换-->后面修正过程与分子置换相似。
各步骤介绍：
2000：将x-ray收集的图像编译转化为数字信息，得到的关键文件有.sca和.log，log
文件会给出hkl2000处理的过程记录，sca文件是最终处理的输出文件。sca文件包含晶体
的空间群等信息。带有可以被转化为电子密度图的信息。评价hkl2000处理是否成功的参数
有数据完整度，最高分辨率等，一般希望处理出在完整度允许的情况下最高分辨率的数据。
分子置换前处理：ccp4软件包
duction，即将sca文件转换为mtz文件。用importedintegrateddata。
ntentanalysis这个是晶体中蛋白聚集体数的分析，通过分析晶体含水量得到一个
晶胞内的蛋白分子数。用mtz文件进行。含水量在40%-60%之间时对应得n即为正确值。
这个聚集体数会在mr中使用。
选取：进行分子置换的model为已知的同源蛋白结构或硒代得到的pdb，对model
的要求是越接近球形越好。一般用单体。从pdb库中下载了pdb后可以用vim编辑，选取自
己想要的那一段做model。
III.分子置换：ccp4软件包
MR以选取好的为模板，对mtz文件进行分子置换，这时要修改的程序参数为在
晶体中寻找的model的个数，及分子量，model的个数通过N值来计算，如果model为单体
的话，model个数即为n值。MR之后会得到一个pdb，一个mtz（电子密度图）。
IV.修正：
COOT修正：在coot中同时打开pdb和mtz，手工用命令将pdb残基突变为自己氨基酸的
序列，并将氨基酸残基放入密度中。
phenix修正：命令
修正完成后会得到一个protein—,一个protein_,一个。
其中pdb文件即为目标pdb，为相应的电子密度图，在第二轮coot手工修
正后再phenix的时候代替sca的位置。
phenix加水溶剂平滑修正
对于结构质量的评价标准：
拉氏构象图：outlier的数量要为0~（coot中看到）
R-work和R-free的值，越低越好~（这个参数可以在phenix之后的.sol文件中看到）
总结：HKL2000-->.sca-->datareduction-->.mtz-->cellcontent
analysis(n)-->MR-->.pdb,.mtz-->cootmutation-->phenix1（--pickoutgoodchain-->MR2-->
phenix2）-->coot-->phenix......(CNS)......phenix+water.....
*（）中是我根据自己的修正加上去的，仅供参考
硒代相位的确定以后再补吧~太长了
目前我的修正就走到这里
结构修正时遇到的问题和用到的小tips：
1.前面说过，结构是N聚体的话看拉氏构象图上红点的位置太多，很乱，希望可以每条链
单独看。不知有什么办法。
一个小tips就是用VIM把pdb截成单链，分别打开修正。这样拉氏上就会只显示一条链的
红点了。
这样的问题就是，如何再合并呢？这有一个命令，是一个师姐传授的哈哈
>命令的意思就是把a和b合并，并将合并后的pdb命名为c。
2.有些结构在某些残基处密度特别乱，如果这个结构是N聚体，可以挑密度最好那条链如
Achain的位置修，修完了之后别的链全都照着A的样子修，照葫芦画瓢，这样八成修出来
都是对的。
这时候照着修有2种办法：
（1）在coot中将两条链进行ssq最小二重叠合，然后在密度上将不好的链的氨基酸手工拉
到与goodchain一致的位置上，不用管当时看着多么乱，只要每个氨基酸残基的位置都放对
了就行。然后从2个包含了这段乱序列的远端正确氨基酸处进行是空间修正。这样立马就
会有magic。
（2）在2个coot中分别打开要修的文件，一个放到goodchain修好的位置，另一个放到要
修的chain的位置，然后把他们摆到一模一样的空间位置，然后观察好的和坏的的区别，照
样依葫芦画瓢。这样其实就是人在做电脑的工作，不过还是蛮锻炼人的空想象力的。
之所以会有第二种推荐，是因为做superimpose的话可能会产生分子的坐标位问题。还要与
相位正确的model再叠合一次，回到原来相位。不做好备份的话，搞不好会丢失正确的结构。
（2）的话很锻炼人，就是有点费时间。
3.有的时候就差肽键的方向不对，应该反过来，但是旋转残基的方向想象力达不到，可以
选择先将那个取向不正确的氨基酸删除，然后重新加上ala再突变，有可能会以正确的构象
加上去~
4.依然遗留的问题是：为什么有的时候用backbone修正只要动一点点就可以达到蓝点，
却总是转了之后一实空间修正久回去为红点呢？据说这时要修好之后在下一步
的时候exclude那样的残基，不然refine完了又回去了。各位大师有没有知道在phenixrefine
的时候exclude某些位点的命令的啊？
分子置换的步骤
1.对同源蛋白质的PDB文件进行编辑。去掉无同源性的部分，去掉水分子，以形状更接近
于球形的部分为模型。（如果model为多聚体，一般用单体作为模板）
2.使用CCP4将sca文件转化为mtz文件。（datareduction-->importmergeddata--填好文件路
径等)
3.使用cellcontentanalysis进行蛋白质结构中的聚集态分析。（Molecularreplacement->
analysis->cellcontentanalysis)马修斯系数预测溶剂含量在40-60%为正确的聚集态。（这个聚
集状态在后面分子置换填写一个晶胞中寻找的蛋白质分子个数，及寻找model的copy数时
有用。）
ser
填写好相关参数。需要修改的选项：mtz文件，model文件，ensemble1，numberofcopiesto
search，proteinMw，numberinasymmetricunit,相似性百分比，然后直接run就可以。
COOT中添加小分子的方法
1.先从库里头下个你要的model下来，把结构参数直接先添加到你的model里面，再打开时
就会看到那东西在哪儿了，看看它和周围可能离得比较近的氨基酸以及你相要让它出现的实
际地点的氨基酸，然后再原始model里面找出他们的位置，把你那相应的位置放到那附近，
然后再微调了，个人一直都觉得这方法很stupid，肯定有更简单的方法的。
我也想学习一下，排队顶贴等大牛。
文件导入
如何画出氢键
这里我再来发一个来自stevenz的一个详细说明吧。
/31661182_
sn'tabuilt-infunctionyet,butyoucanshowH-bondsbetweentwo
objecon't
havehydrogens,youcanuseh_addontheproteinsorprovideligandswithvalenceinformation
andthenuseh_add.
rity,theydrawdashesbetweentheheavyatomsandhidethe
hydrogens.
#EXAMPLE1:Showhydrogenbondsbetweenprotein
#anddockedligands(whichmusthavehydrogens)
,prot
loaddocked_,lig
#addhydrogenstoprotein
h_addprot
selectdon,(elemn,oand(neighborhydro))
selectacc,(elemoor(elemnandnot(neighborhydro)))
distHBA,(ligandacc),(protanddon),3.2
distHBD,(liganddon),(protandacc),3.2
deletedon
deleteacc
hide(hydro)
hidelabels,HBA
hidelabels,HBD
#EXAMPLE2:Showhydrogenbondsbetweentwoproteins
h_addprot1
h_addprot2
selectdon,(elemn,oand(neighborhydro))
selectacc,(elemoor(elemnandnot(neighborhydro)))
distHBA,(prot1andacc),(prot2anddon),3.2
distHBD,(prot1anddon),(prot2andacc),3.2
deletedon
deleteacc
hide(hydro)
hidelabels,HBA
hidelabels,HBD
#NOTE:thatyoucouldalsousethisapproachbetweentwo
#non-overlappingselectionswithinasingleobject.
其中语句
distHBA,(prot1andacc),(prot2anddon),3.2
distHBD,(prot1anddon),(prot2andacc),3.2
就是设置要显示的氢键的键长最大值，HBA代表受体氢键，HBD代表供体氢键。
自己琢磨吧，多看就懂了。
Lau,S.Y.,(2012)."DistinctpropertiesofCa2+-calmodulinbindingtoN-and
C-terminalregulatoryregionsoftheTRPV1channel."JGenPhysiol140(5):541-555.
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